农民自建房能不能办产权证，主要看该房屋所在地的土地性质是国有的还是集体的，这个在土地使用证上可以体现出来。如果土地性质是国有的，则可以自由转让，也可以办理产权过户手续。如果土地是属于集体所有的，则不能上市交易，只能在集体内部转让。
农村自建房可以进行买卖，但宅基地的集体土地使用权必须要依照法律规定程序进行转让和受让。中共中央、国务院关于进一步加强土地管理切实保护耕地的通知（中发〔1997〕11号）规定：“农村居民建住宅要严格按照所在的省、自治区、直辖市规定的标准，依法取得宅基地。农村居民每户只能有一处不超过标准的宅基地，多出的宅基地，要依法收归集体所有。”国办发〔2007〕71号规定：“农村住宅用地只能分配给本村村民，城镇居民不得到农村购买宅基地、农民住宅或“小产权房”。单位和个人不得非法租用、占用农民集体所有土地搞房地产开发。农村村民一户只能拥有一处宅基地，其面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。”《房屋登记办法》第87条规定：“申请农村村民住房所有权转移登记，受让人不属于房屋所在地农村集体经济组织成员的，除法律、法规另有规定外，房屋登记机构应当不予办理。”
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